在《圣兽警察2》中，前作事件后，圣兽警察小队解散，成员各奔东西。然而，黑暗势力再次崛起，一个名为“暗影教团”的神秘组织企图利用远古圣兽的力量统治世界。主角杰克被召回，重组小队，却发现自己曾经的伙伴已面目全非——有人背叛，有人牺牲，而圣兽们亦被邪能腐蚀。在一场惊心动魄的追逐战后，杰克与仅存的圣兽“雷鹰”达成共鸣，觉醒终极力量。最终决战在废弃的炼狱塔展开，杰克以肉身挡下邪兽的攻击，用生命封印暗影之门。但结尾彩蛋揭示，新的威胁已在暗中滋生。