主角李默是一位身怀绝技的民间医生，因治愈疑难杂症而声名远扬，却遭同行嫉妒，被诬告无证行医，身陷囹圄。就在人生跌入谷底时，他意外激活了“神医复仇系统”。系统赋予他透视诊断、药方优化等超能力，使他能在暗中搜集证据，并屡次救活被大医院宣判死刑的病人，名声再次暴涨。最终，李默利用系统力量当庭揭露对手的阴谋，让诬告者身败名裂，自己重获清白，并成为一代传奇神医。