在第二季中，方舟一号的幸存者们终于抵达了此前探测到的信号源——一颗看似宜居的星球。然而，他们发现这颗星球上隐藏着致命的原生微生物，能侵蚀飞船的维生系统。同时，船员内部因为资源分配问题产生分裂，一名神秘叛徒暗中破坏关键设备，试图接管飞船控制权。船长李航带领忠诚的船员们一边修复系统，一边与外星生物周旋，最终发现叛徒竟是受地球残存政府指使的间谍，目的是独占方舟一号的先进技术。在生死存亡之际，李航决定牺牲自己，引爆飞船引擎与外星巢穴同归于尽，为剩余船员争取逃亡时间。幸存者能否带着方舟一号的火种找到新的家园？