大周长安，运河上怪事频发：鬼船夜行，船员离奇失踪，尸身不腐。狄仁杰奉命彻查，发现水底暗藏机关枢纽，乃邪教“龙王会”所为。他们利用运河走私硝磺，密谋炸毁渡口，趁乱起事。狄仁杰与助手乔装混入祭坛，识破伪装，与教众在水下激战。最终炸毁密道，擒获教主，揭露其勾结权贵、图谋皇位之惊天阴谋，运河重归安宁。