杰克是个痴迷传说的海洋学家，某日他从祖父遗物中发现一枚刻有亚特兰蒂斯文的神秘罗盘。循着线索，他组建了一支小队潜入大西洋深处。意外卷入亚特兰蒂斯守卫者与邪恶文物贩子的斗争中。原来，沉没之城并未消亡，其核心能源“光晶”正被黑市觊觎。杰克与亚特兰蒂斯公主艾拉联手，破解远古陷阱，最终用智慧唤醒光晶守护机制，将入侵者困于时空迷宫。此刻，杰克才知罗盘实为亚特兰蒂斯人测试勇气的试炼石，他因无私选择而获赠一滴光晶能量，回到海面后，整个城市的光芒悄然融入地球磁场，成为守护海洋的隐形屏障。