在一列名为“黑铁”的神秘列车上，灰原哀意外发现自己被黑衣组织盯上，生命危在旦夕。柯南为保护她，与组织成员展开智力与体力的较量。列车中隐藏着组织的重要秘密，一场惊心动魄的追逐战就此展开。灰原哀在绝境中展现出的勇敢与智慧，以及她与柯南之间的默契配合，成为本片最大看点。最终，真相大白，灰原哀得以逃脱，但组织的阴影依旧笼罩在众人心头。