新学期伊始，神奇动物学校迎来了一位不速之客——一只拥有隐形能力的神秘生物。它无意中闯入校园，引发一连串混乱：实验室爆炸、食谱丢失、甚至校长室被翻得底朝天。学生们误以为是有人在恶作剧，相互猜疑。主角组发现线索，追踪到一片密林，原来这只隐形兽因受伤而无法控制能力。面对误解和恐惧，他们决定帮助它疗伤，并找到它的族群。经过一番冒险，他们发现隐形兽其实是即将灭绝的珍稀物种，它的出现预示着生态失衡。在学校的支持下，学生们成功与隐形兽沟通，并建立了一片保护区。最终，隐形兽恢复了健康，与学生们成为朋友，学校也学会了与神奇动物共存的智慧。