在纽约下水道的阴影中，四只变种乌龟——莱昂纳多、拉斐尔、多纳泰罗和米开朗基罗——重装上阵。这一次，他们不仅要面对老对手施莱德，还要迎战一个疯狂科学家培育的超级变种军团。故事从乌龟们意外获得全新能力开始：莱昂纳多的剑气更锐利，拉斐尔的怒拳能粉碎钢铁，多纳泰罗的科技装备升级，米开朗基罗的双截棍快如闪电。他们与女记者艾普莉尔联手，深入地下实验室，发现变种生物正失控暴走。高潮大战中，乌龟们用默契配合破解科学家的终极武器，拯救了城市。影片节奏紧凑，战斗场面燃爆，穿插着兄弟间的搞笑互怼。彩蛋暗示更强大的敌人即将登场，让人期待续集。