远古的八歧大蛇被封印于富士山底，因地下核试验而苏醒，向人类展开复仇。主人公翔太是环保组织成员，他发现大蛇的觉醒与军方秘密武器有关。为了阻止大蛇破坏东京，翔太联合科学家和自卫队，利用声波武器引诱大蛇至深海。然而大蛇拥有再生能力，最终翔太驾驶微型潜艇钻入大蛇体内，引爆核弹同归于尽。影片以悲壮结局警示人类对自然的破坏。