风见学园的樱花树再度绽放，但这一次，它承载着即将崩溃的魔法世界。主角芳乃清隆与青梅竹马、表妹及神秘转学生相遇，每个人的心愿都与樱花树相连。随着季节更替，樱花树的魔力逐渐失控，现实与幻想的边界模糊。清隆必须在拯救樱花树和守护少女们的未来之间做出选择，而真相背后隐藏着初音岛百年的秘密。一场关于爱与牺牲的奇幻恋曲就此展开。