在东京，一种名为“异生兽”的未知生物悄然入侵。特种部队成员真木舜一在一次任务中遭遇异生兽，濒死之际与光之巨人奈克斯特·奥特曼融合，获得了变身能力。然而，每次变身都会消耗他的生命能量。与此同时，科学家水原沙罗发现异生兽的起源与人类内心的黑暗有关。真木必须在有限的时间内，与另一名幸存者——少年有动贵文合作，阻止异生兽的蔓延。最终，真木领悟到奥特曼的力量并非用于战斗，而是传递希望，他牺牲自己化作光芒，净化了异生兽的源头。影片探讨了人性与牺牲，展现了奥特曼作为守护者的真正意义。